Silent Hill 3 es es una secuela directa del primer juego de la saga y el primero de la serie en ofrecer un personaje principal femenino.
En esta tercera parte, el jugador toma el control de Heater Morris, una adolescente que se encuentra pasando el día en un centro comercial. Súbitamente, Heater se ve rodeada por un mundo desconocido, un mundo deforme, aberrante y pestilente donde nada tiene sentido y donde las únicas criaturas que encuentra son engendros que se mueven por los más básicos instintos.
A pesar de esta desconcertante situación, consigue reconocer el lugar. Se trata del centro comercial, pero extraña y macabramente cambiado. Sin entender nada, intenta salir del complejo, pero más que un cúmulo de tiendas, el lugar parece un laberinto enrevesado de metal y sangre. Intentando abrirse paso, Heater llega al pequeño parque de atracciones del centro, donde comienza a tener extraños destellos del mundo real para, al instante, volver a situarse en un universo irreal y decadente.
Una vez en el parque de atracciones, la adolescente se dirije al norte, a la montaña rusa, hasta ella, un camino lleno de trajes de conejito ensangrentados. Ese será el primer escollo del camino de Heater hasta Silent Hill, el pueblo maldito…