Metal Gear Solid 2 es una continuación del sigilo instaurado por sus antecesores, donde la idea principal es evitar ser descubierto por el enemigo. Además, este juego cuenta con más elementos que su predecesor. Para comenzar, se agregó un nuevo modo de primera persona, que permite apuntar y disparar con las armas de una manera más precisa, ampliando enormemente las opciones tácticas, por ejemplo, permitiendo disparar a los extintores para que el vapor deje momentáneamente ciegos a los enemigos o para ver las luces infrarrojas de alguna alarma o trampa explosiva. Entre los movimientos nuevos, se agregó la posibilidad de caminar lentamente, lo que permite moverse a hurtadillas sin hacer ruido, la posibilidad de colgarnos por las barandillas para evitar a los guardias o cubrirse en las esquinas, asomarse y disparar mientras nos estamos cubriendo.
Los guardias ahora cuentan con una renovada IA, haciendo que sus acciones sean más coordinadas en equipo, llamando por radio a sus refuerzos para franquear al jugador y cortar sus posibles rutas de escape. Además, los soldados que vengan en ayuda contarán con chalecos antibalas y escudos antidisturbios, por lo que son una mayor amenaza. Para esconderse, se agregaron nuevas posibilidades, como esconderse en los armarios o en los baños. Además, ahora se cuenta con la presencia de la pistola tranquilizadora, que permite dormir a los enemigos y evitar matarlos (incluyendo a los jefes finales). Lo que da lugar a nuevas posibilidades tácticas, por ejemplo, evitando tener que matar y luego esconder el cuerpo de un guardia, o que el enemigo solo crea que el soldado se durmió, evitando las alarmas.
Nos encontramos dos años después del incidente de Shadow Moses (narrado en Metal Gear Solid). Durante estos dos años la tecnología secreta de Metal Gear gracias a Revolver Ocelot ha circulado libremente por el mercado negro. Como consecuencia han aparecido incontables versiones pirata de Metal Gear por todo el mundo. En medio de todo esto está Solid Snake, actual miembro de la recién fundada Philanthropy, una especie de ONG anti-Metal Gear, junto con su compañero Otacon (Hal Emmerich) han viajado por el mundo para destruir estas réplicas para evitar una catástrofe nuclear.