Zack Fair es el alma de Crisis Core: Final Fantasy VII. El espejo en el que se miraba el joven que acabó salvando el mundo. El compañero respetado de héroes de leyenda. El amor de la chica que tenía en sus manos el destino del planeta. La épica historia en la que cedió sus sueños de honor y gloria a Cloud se narra ahora de forma completa.
Los hechos narrados en Crisis Core: Final Fantasy VII se remotan siete años atrás a los acontecidos en Final Fantasy VII. La compañía eléctrica Shinra domina con su influencia y aplastante poder militar la ciudad de mako, Midgar. La organización con mayor fuerza de combate de Shinra se conoce como Soldado, a la cual pertenece Zack, un efectivo de segunda clase.
Zack recibe el encargo de investigar la desaparición de un Soldado de primera clase llamado Génesis y de muchos de sus compañeros. Le acompañará el Soldado de primera clase Angeal y Sefirot, un héroe del que se ha oído hablar en todos los rincones del planeta. Sin embargo, esta misión lo lleva a descubrir la cara oculta de los turbios experimentos de Shinra y los monstruos que han creado.